Salaire en arrêt maladie : pourquoi il baisse, ou parfois augmente
Pendant un arrêt maladie, le salaire peut baisser, ou au contraire paraître plus élevé qu’en temps normal. Les deux s’expliquent, et le second cache parfois un trop-perçu à rembourser.
Mis à jour le 9 novembre 2026
Pourquoi le salaire baisse en arrêt maladie
- Le délai de carence : la sécurité sociale ne verse rien pendant les 3 premiers jours d’arrêt, sauf exceptions.
- Les indemnités journalières (IJSS) valent en principe 50 % du salaire journalier de base, dans la limite d’un plafond : elles ne remplacent pas tout le salaire.
- Le complément employeur n’est dû par la loi qu’avec au moins un an d’ancienneté et après 7 jours de carence. Votre convention collective prévoit souvent mieux.
Exemple : 14 jours d’arrêt, complément légal
Salaire de 2 400 € brut, 2 ans d’ancienneté. Calcul simplifié en jours calendaires (2 400 ÷ 30 = 80 € par jour).
IJSS : 2 400 × 3 ÷ 91,25 ÷ 2 = 39,45 € par jour, du jour 4 au jour 14 39,45 × 11 = 433,95 € Complément du jour 8 au jour 14 : (80 × 90 % − 39,45) × 7 = 32,55 × 7 = 227,85 € Reçu pour l’arrêt : 433,95 + 227,85 = 661,80 €, au lieu de 14 × 80 = 1 120,00 € Perte : 458,20 € brut
Pourquoi le salaire est parfois plus élevé en arrêt maladie
| Cause | Pourquoi le net monte | À rembourser ? |
|---|---|---|
| IJSS moins prélevées | Elles ne supportent que la CSG et la CRDS, pas les cotisations salariales habituelles | Non |
| Double paiement | L’employeur maintient le salaire et la CPAM vous verse aussi les IJSS | Oui, le surplus |
| Rattrapage | Des IJSS ou un complément d’un mois précédent arrivent en même temps | Non, si le calcul est juste |
Le double paiement est le piège : le surplus n’est pas à vous et sera déduit plus tard, parfois d’un coup, ce qui peut rendre une fiche de paie négative. Exemple chiffré du maintien avec subrogation dans les IJSS sur la fiche de paie.
Combien de temps le salaire est-il maintenu ?
Le complément légal de l’employeur est de 90 % du brut pendant une première période, puis des deux tiers pendant une seconde. Chaque période dure 30 jours, et s’allonge de 10 jours par tranche de 5 ans d’ancienneté, dans une limite fixée par la loi. Les accords de branche prévoient souvent un maintien plus long ou plus favorable. Détails sur service-public.gouv.fr.
Et dans la fonction publique ?
Les fonctionnaires ne touchent pas d’IJSS : en congé de maladie ordinaire, l’administration maintient 90 % du traitement pendant 3 mois puis 50 % pendant 9 mois, après un jour de carence. Voir l’arrêt maladie dans la fonction publique.
Ce qu’il faut vérifier
Comparez les IJSS déduites sur le bulletin avec votre relevé sur ameli.fr. Si vous touchez les IJSS directement alors que votre employeur pratique la subrogation, prévenez-le : le trop-perçu finira par être récupéré.
À retenir
- Sans convention plus favorable, un arrêt fait baisser le salaire : carence, puis IJSS à 50 %.
- Un net plus élevé vient souvent des IJSS moins prélevées, ce qui est normal.
- Si vous êtes payé deux fois, le surplus sera récupéré : mettez-le de côté.
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Questions fréquentes
Pourquoi mon salaire est plus élevé en arrêt maladie ?
Parce que les indemnités journalières sont moins chargées que le salaire, ou parce que vous touchez à la fois le maintien de salaire et les IJSS. Dans ce second cas, la somme en trop sera récupérée.
Les IJSS sont-elles imposables ?
Oui en général, elles sont intégrées au net imposable. Celles versées pour une affection de longue durée sont exonérées.
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Ce guide donne des informations générales sur le droit du travail français. Il ne remplace pas un conseil juridique : votre convention collective ou votre contrat peuvent prévoir des règles plus favorables. En cas de doute, rapprochez-vous de votre service paie, d’un représentant du personnel, de l’inspection du travail ou d’un professionnel du droit.