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IJSS sur la fiche de paie : c’est quoi, et que veut dire subrogation ?

Une ligne IJSS apparaît pendant un arrêt maladie, une maternité ou un accident du travail. Elle peut s’ajouter ou se soustraire : tout dépend de qui vous verse les indemnités.

Mis à jour le 9 novembre 2026

Ce que sont les IJSS

Les indemnités journalières de la sécurité sociale remplacent une partie du salaire pendant un arrêt de travail. En maladie, elles valent en principe 50 % du salaire journalier de base, calculé sur les salaires des 3 mois précédents, dans la limite d’un plafond, après 3 jours de carence. Les montants et conditions sont sur service-public.gouv.fr et ameli.fr.

Exemple : IJSS pour 10 jours d’arrêt

Salaire brut de 2 400 € les 3 mois précédents.

Salaire journalier de base : 2 400 × 3 ÷ 91,25 = 78,90 € IJSS : 78,90 ÷ 2 = 39,45 € par jour 3 jours de carence, puis 7 jours indemnisés : 39,45 × 7 = 276,15 € brut

Deux façons de les voir sur le bulletin

Avec subrogation

L’employeur vous paie votre salaire (ou une partie) comme d’habitude, et c’est lui qui reçoit les IJSS de la sécurité sociale. Sur le bulletin : une retenue pour absence, un complément, puis une ligne d’IJSS ajoutée après le net.

Sans subrogation

La sécurité sociale vous verse les IJSS directement sur votre compte. Sur le bulletin : la retenue pour absence, et si un maintien de salaire est prévu, une ligne qui déduit les IJSS que vous avez reçues, pour ne pas payer deux fois.

Extrait de bulletin, 10 jours d’arrêt, maintien intégral avec subrogationExemple
ÉlémentBaseMontant
Salaire de base151,67 h2 400,00
Absence maladie 110 j−800,00
Complément employeur 2523,85
Salaire brut2 123,85
Après le net à payer
IJSS nettes (subrogation) 37 j257,65
Montants fictifs et arrondis. Absence calculée en jours calendaires (2 400 ÷ 30 × 10).
  1. Les 10 jours d’arrêt sont retirés : 2 400 ÷ 30 × 10 = 800 €.
  2. Le complément pour maintenir le salaire : 800,00 − 276,15 d’IJSS brutes = 523,85 €. Il est cotisé comme du salaire.
  3. Les IJSS, après CSG et CRDS (6,7 % au total) : 276,15 × 0,933 = 257,65 €. Elles s’ajoutent au net.

Cotisations et impôt

IJSSComplément employeur
Cotisations salarialesNonOui, comme du salaire
CSG et CRDSOui, à taux réduitOui
Impôt sur le revenuOui, sauf affection de longue duréeOui

Comment les vérifier

  • Comparez le montant brut des IJSS sur le bulletin avec votre relevé sur ameli.fr.
  • Vérifiez qu’elles ne sont pas déduites alors que vous ne les avez pas encore reçues : c’est l’origine fréquente d’une fiche de paie négative.
  • Vérifiez qu’elles ne sont pas à la fois versées par l’employeur et par la sécurité sociale.

À retenir

  • IJSS = 50 % du salaire journalier de base, après 3 jours de carence.
  • Avec subrogation, elles s’ajoutent au bulletin ; sans subrogation, elles sont déduites d’un éventuel maintien.
  • Vérifiez-les toujours avec votre relevé ameli.

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Questions fréquentes

C’est quoi IJSS sur une fiche de paie ?

Les indemnités journalières de la sécurité sociale, versées pendant un arrêt de travail. Elles apparaissent quand l’employeur les avance (subrogation) ou les déduit d’un maintien de salaire.

Que veut dire subrogation ?

L’employeur continue de vous payer et perçoit lui-même les indemnités journalières à votre place.

Pourquoi les IJSS sont déduites de mon salaire ?

Parce que votre employeur maintient votre salaire alors que la sécurité sociale vous verse les IJSS directement : il les retire pour que vous ne soyez pas payé deux fois.

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Ce guide donne des informations générales sur le droit du travail français. Il ne remplace pas un conseil juridique : votre convention collective ou votre contrat peuvent prévoir des règles plus favorables. En cas de doute, rapprochez-vous de votre service paie, d’un représentant du personnel, de l’inspection du travail ou d’un professionnel du droit.