Arrêt maladie dans la fonction publique : quel salaire pour un fonctionnaire ?
Un agent public en arrêt maladie ne touche pas d’indemnités journalières comme un salarié du privé : c’est son administration qui maintient une partie de son traitement. Les règles ont changé en 2025. Voici ce que vous devez retrouver sur votre bulletin.
Mis à jour le 9 novembre 2026
Jour de carence, puis 90 % et 50 %
Depuis le 1er mars 2025 (loi de finances pour 2025, article L822-3 du Code général de la fonction publique), un fonctionnaire en congé de maladie ordinaire perçoit 90 % de son traitement pendant 3 mois (auparavant 100 %), puis 50 % pendant 9 mois. Le premier jour de chaque arrêt n’est pas payé.
Les durées se comptent sur une période glissante de 12 mois : on additionne tous les jours d’arrêt de l’année écoulée. Après plusieurs arrêts dans l’année, vous pouvez donc passer à 50 % alors que l’arrêt en cours est court.
Le jour de carence ne s’applique pas en cas de prolongation (reprise de 48 heures au plus entre deux arrêts pour la même affection), ni, sous conditions, pour les arrêts liés à une affection de longue durée (détails sur service-public.gouv.fr).
Ce que deviennent les primes
Selon service-public.gouv.fr :
| Élément | 3 premiers mois | 9 mois suivants |
|---|---|---|
| Traitement indiciaire | 90 % | 50 % |
| NBI | 90 % | 50 % |
| Indemnité de résidence | 100 % | 100 % |
| Supplément familial de traitement | 100 % | 100 % |
| Primes : État | 90 % | 50 % |
| Primes : territoriale | Selon la délibération de la collectivité | |
| Hospitalière : indemnité de sujétion spéciale | 90 % | 50 % |
Les éléments liés au service fait (heures supplémentaires, travail de nuit ou du dimanche) ne sont en général pas versés pour les jours d’arrêt. En territoriale, demandez la délibération sur les primes au service des ressources humaines.
Comment le lire sur le bulletin
| Élément | Base | Montant |
|---|---|---|
| Traitement brut | 2 400,00 | |
| Indemnité de résidence | 24,00 | |
| IFSE | 400,00 | |
| Congé de maladie du 2 au 11 | ||
| Retenue jour de carence 1 | 1 j | −94,13 |
| Retenue maladie 10 % 2 | 9 j | −84,00 |
| Total brut | 2 645,87 | |
- Un trentième du traitement, de l’indemnité de résidence et de l’IFSE : (2 400 + 24 + 400) ÷ 30 = 94,13 €.
- 10 % du traitement et de l’IFSE pour les 9 autres jours : (2 400 + 400) ÷ 30 × 9 × 10 % = 84,00 €. L’indemnité de résidence reste entière.
Exemple : ce que coûtent 10 jours d’arrêt
Agent de l’État, 2 400 € de traitement, 24 € d’indemnité de résidence, 400 € d’IFSE, premier arrêt de l’année.
Jour de carence : 2 824 ÷ 30 = 94,13 € 9 jours à 90 % : 2 800 ÷ 30 × 9 × 10 % = 84,00 € Perte totale : 94,13 + 84,00 = 178,13 € brut
Vérifiez le nombre de jours retenus par rapport aux dates de votre arrêt, et que l’indemnité de résidence et le SFT n’ont pas baissé. Une retenue qui arrive un mois plus tard, parfois sous forme de régularisation, est normale : l’arrêt est souvent saisi après la clôture de la paie.
Les contractuels
Un agent contractuel relève de la sécurité sociale : il a droit à des indemnités journalières (IJSS) après 3 jours de carence. Avec au moins 4 mois d’ancienneté, son administration lui maintient aussi une partie du traitement (90 % puis 50 %, pendant des durées qui augmentent avec l’ancienneté), en déduisant les IJSS. En pratique, l’administration verse le tout et se fait rembourser les IJSS. Un jour de carence non payé s’applique aussi à chaque arrêt. Détails sur service-public.gouv.fr.
Au-delà de 12 mois
Une maladie longue ou grave peut ouvrir droit à un congé de longue maladie ou de longue durée, avec un plein traitement plus long, après avis du conseil médical. Le congé de maladie ne réduit ni vos droits à avancement ni vos congés annuels, mais il ne génère pas de jours de RTT.
À retenir
- Jour 1 non payé, puis 90 % pendant 3 mois, puis 50 % pendant 9 mois, sur 12 mois glissants.
- Indemnité de résidence et SFT restent entiers.
- Primes : comme le traitement à l’État, selon délibération en territoriale.
- Les contractuels touchent des IJSS, complétées par l’administration.
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Questions fréquentes
Un fonctionnaire en arrêt maladie est-il payé à 100 % ?
Plus depuis le 1er mars 2025 : il perçoit 90 % de son traitement pendant les 3 premiers mois de congé de maladie ordinaire, puis 50 % pendant 9 mois, après un jour de carence.
Combien perd-on en arrêt maladie dans la fonction publique territoriale ?
Le traitement et la NBI passent à 90 % puis 50 %. L’indemnité de résidence et le SFT restent entiers. Pour les primes, tout dépend de la délibération de votre collectivité.
Le jour de carence s’applique-t-il à chaque arrêt ?
Oui, sauf en cas de prolongation sans reprise de plus de 48 heures et, sous conditions, pour les arrêts liés à une affection de longue durée.
Pourquoi la retenue d’arrêt maladie arrive le mois suivant ?
Parce que l’arrêt est souvent enregistré après la clôture de la paie du mois. La retenue est alors faite sur la paie suivante.
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Ce guide donne des informations générales sur le droit du travail français. Il ne remplace pas un conseil juridique : votre convention collective ou votre contrat peuvent prévoir des règles plus favorables. En cas de doute, rapprochez-vous de votre service paie, d’un représentant du personnel, de l’inspection du travail ou d’un professionnel du droit.